近年来，佳木斯市鼓励各级河长发挥创新机制，开展“一河一策”编制交流合作,建立跨区域联动机制，建立工作联络机制、信息共享和工作交流机制、建立跨区域河湖共管共治机制。在按照国家和省要求制定了“六项”主要制度基础上，创新出台了河湖长制工作督办、河湖长巡查、联席会议、港口污染物接收转运处置联单制度等4项制度和《社会监督员聘请管理办法》《群众举报事项处理办法》等，共建立各项制度12项。佳木斯海事局在船舶通航河流设立市、县两级河道监督长11名。充分发挥自身优势，整合现有的海巡艇、执法车辆及执法人员，定期针对辖区重点流域组织开展水上联合执法专项行动，及时发现并治理辖区各类固定、流动污染源，严厉打击辖区水域内各种违法排污行为。

2018年，佳木斯市制定了河湖长巡河流程，完善巡河日志，对巡河检查、问题处理、督办反馈等提出了规范要求。同江市、桦南县为每名县级河长配备河长助理，负责河长部署事项和发现问题督办等工作。郊区每名区级河长建立了河湖管护微信群，及时掌握、督促乡村河长履行职责。一年来，全市四级河湖长开展巡河检查17320人次。其中：市县两级河湖长巡河检查659人次，召开河湖长会议50次，督办整改问题173个。通过市水务、国土、公安等部门开展采砂联合执法巡查500余次，对有违法采砂行为的14家砂场下达执法文书128份，先后对7台（套）非法采砂设备进行了先行登记保存，强制拆除6家砂场筛砂设备。原市环保局、佳木斯海事局签订了联合执法协议，共同检查船艇46艘，推进了船舶污染治理。汤原、桦川、郊区等县（市）区把河湖管护与脱贫攻坚相结合，聘请贫困户为巡河保洁员，人均年增收2000～3000元。东风区采取市场化方式对城区河流进行保洁管护。全市共设置巡河保洁员1333名。